О машине, делающей белки

Прочёл очень интересную книгу: ГЕНЕТИЧЕСКИЙ ДЕТЕКТИВ. От исследования рибосомы к Нобелевской премии (Изд-во Питер, 2020). Автор — американо-британский учёный индийского происхождения Венкатраман («Венки») Рамакришнан, который посвятил жизнь раскрытию атомно-молекулярного строения и механизмов функционирования важнейшей клеточной органеллы — рибосомы. В оригинале книга имела другое название: Venki Ramakrishnan. GENE MACHINE. The race to decipher the sectets of the ribosome. London (2018).

Венки родился в 1952 г. в семье биохимиков. В возрасте 19 лет уехал из Индии в США и стал обучаться на физика в Университете шт. Огайо; там же защитил диссертацию, после чего изучал биологию в Калифорнийском ун-те. Рибосомами начал заниматься в 1978 г., будучи постдоком в Йеле. Затем работал в разных местах в Америке, а в 1999 г. обосновался в Англии, став руководителем группы в знаменитой Лаборатории молекулярной биологии (LMB) в Кембриджском университете.

Когда Рамакришнан обратился к рибосоме, уже было известно, что она состоит из двух субъединиц (большей и меньшей), что в неё входят несколько больших молекул РНК и много десятков разных белков. Органеллу активно изучали биохимически, но внутреннее строение всей огромной наномашины, состоящей из полумиллиона атомов, оставалось загадкой.

Полгода в ResearchGate

Как я отмечал <04.03.2020>, в январе этого года по инициативе доктора Даниэле Сассо из Италии я зарегистрировался в научной соцсети RG.

Разместил там свои главные статьи по физике, а также статью по ДНК и стал участвовать в работе Сети. Тот или иной участник формулирует вопрос, открывает тему, и начинается обсуждение. Часто авторы комментариев добавляют к ним ссылки на собственные публикации, т.е. попутно как бы занимаются саморекламой. Так же поступал и я, в результате чего с моими работами ознакомились сотни людей (более 5000 заходов на мою страницу). Содержательного обсуждения моих статей не возникало, и вот только вчера два физика (из Канады и Сев. Ирландии) проявили интерес к моему «Мемуару» по теории относительности, высказав несколько серьёзных соображений: https://www.researchgate.net/post/On_the_history_of_Lorentz_Transformations_and_its_their_meaning_outside_special_relativity#view=5f2d3575310259275526f36a

Приятна сама возможность общаться в RG со всем миром, знакомиться с творческими людьми. Можно сказать, и польза и развлечение. Хотя слишком много времени уделять этому не стоит: общедоступные форумы плохо приспособлены для обсуждения действительно глубоких идей, которые сразу растворяются в чепухе.

Круглая дата Р. Фрэнклин

О замечательной английской исследовательнице Розалинд Фрэнклин, о её вкладе в открытие структуры ДНК я писал много раз — приведу некоторые сслылки: 16.05.2016 , 25.04.2017 , 25.04.2018 . И вот исполнилось 100 лет со дня её рождения.

В честь этой даты в Великобритании выпустили памятную монету:

The UK Royal Mint has released this 50-pence coin in honour of the hundredth anniversary of biophysicist Rosalind Franklin’s birth on 25 July. It features a stylized version of her X-ray crystallography image of DNA, which contributed to the discovery of the molecule’s double-helix structure. “This coin represents the broader societal recognition she so richly deserves.” Franklin died aged 37, in 1958, from cancer. 

Но настоящая слава Розалинд ещё впереди — когда будет признано, что двойная спираль Уотсона и Крика ошибочна и что «антиспиральные» взгляды «несносной Рози» были в принципе правильны. См. мою статью «Двойная спираль или лента-спираль?» — на русском (на этом сайте):  <Лента-спираль> и на английском: https://vixra.org/abs/1803.0104

Неслучайные перестройки генома

Вышла книга украинских биологов профессоров из Харькова Геннадия Фёдоровича Жегунова и Олега Анатольевича Нардида «Клеточные механизмы выживания: Что делает клетку живой. Природа, гипотезы, философия» (URSS, 2019, 504 с.). Она посвящена в основном цитологии, но обсуждаются и другие уровни организации биосистем, а также разные общебиологические проблемы. Моё внимание привлёк параграф 7.1.2.

Обложка Жегунов Г.Ф., Нардид О.А. Клеточные механизмы выживания: Что делает клетку живой. Природа, гипотезы, философия«Направленные перестройки генома»

Он открывается таким Резюме:

Молекулярные элементы генома способны в ответ на изменяющиеся факторы среды обитания направленно модифицироваться для появления признаков, полезных для приспособления фенома.                                                                                         .

И далее (приведу сокращённо):
Синтетическая теория эволюции (СТЭ) рассматривает геном как пассивную структуру, кодирующую и передающую случайно возникающие мутации и рекомбинации ДНК. Считается, что только естественный и искусственный отбор играет активную роль, отбирая и закрепляя полезные модификации генома и адекватные приспособительные признаки… Сам же геном не может обуславливать направленное создание таких приспособительных программ…

Читать далее

Мои научные вылазки

Работая с 1972 по середину 1984 г. в прикладном НИИ, не имевшем никакого отношения ни к биологии, ни к физике, я всё же старался посещать научные семинары по этим (и другим) наукам в Москве и даже совершил, за счёт отпуска и отгулов, две дальние поездки.

Первая. В 1980 г., познакомившись с некоторыми представителями научного мира на почве моей модели ДНК, я узнал, что в октябре в Грузии должно состояться очередное Совещание по конформационным изменениям биополимеров в растворах. Выяснил, каким рейсом летят московские участники и купил билет на тот же (пристроился к ним). Прилетели в Тбилиси, оттуда на автобусах в столицу Кахетии Телави.

ТЕЛАВИ

…………………………………………ТЕЛАВИ………………………..

Там и прошло трёхдневное Совещание. С докладами выступали такие известные учёные, как М.В.Волькенштейн и Э.Л.Андроникашвили, и, конечно, ведущие специалисты по ДНК  Ю.С.Лазуркин, В.И.Иванов, М.Д.Франк-Каменецкий и др. (одних уж нет…). Можно сказать, узнал «кто есть кто» в этой области.

Читать далее

Лента-спираль: первая публикация

КишТитул

Как я уже много раз писал, в апреле 1979 г. мне пришла в голову идея о новой модели молекулы ДНК (см. заметку «40 лет моей гипотезе о ДНК» <). В конце того же года написал маленькую статью и разослал её в биологические институты. В те времена было принято отвечать на обращения граждан, так что я получил ряд ответов — от конкретной критики до простых отписок.

Критика сводилась к тому, что пока это лишь голая идея, и мне нужно обосновать модель в разных аспектах. Прежде всего, показать, что она стерически возможна (т.е. решить конформационную проблему — дать координаты атомов) и что она не противоречит рентгеновским данным; указывалось, что недавние эксперименты опровергли альтернативную Бок-о-Бок модель (тоже не перекрученную), и значит, вопрос о подобных моделях в принципе уже закрыт (как я разъяснял, это утверждение было ошибочным).

Решить стерическую проблему можно двумя методами — теоретическим конформационным анализом на компьютерах (такие работы велись тогда во многих местах) и моделированием руками из атомного конструктора (штырьковые или объёмные модели). Как я узнал, биолог из Тартуского университета Райк-Хийо Микельсаар разрабатывал собственный набор объёмных атомных моделей, и я установил с ним контакт.

Читать далее

Публикация еретических идей

В последние десятилетия прошлого века, ещё в доинтернетовскую эпоху, выходило очень много научных журналов, но авторы из разных стран, которые выдвигали необычные, еретические идеи, испытывали трудности с их публикацией. И тут большую помощь им (и науке тоже) оказывали научно-популярные журналы, которые печатали подобные материалы. У нас это, прежде всего, «Техника-молодёжи», «Знание-сила», «Химия и жизнь» (в последнем под рубриками «Гипотезы» и «Размышления» публиковался и я). А 1978 г. начал выходить международный рецензируемый журнал (4-5 номеров в год): 

SST SPECULATIONS IN SCIENCE AND TECHNOLOGY

«An international journal devoted to speculative papers in the physical, mathematical, biological and engineering sciences». Его организовал Western Australian Institute of Technology. Он продержался до 1999 г. и в какие-то годы поступал в ГПНТБ, где я его просматривал.

В начале 90-х у нас, как грибы после дождя, стали появляться новые издания, например «Гипотеза. Независимый научный журнал» (учредитель и главред В.Я. Хуторский), «Еретик» (фонд «Потенциал»), но существовали они, видимо, недолго. В тот же период увидело свет огромное количество изданных за свой счёт брошюр — авторы наконец получили возможность достаточно полно изложить и обнародовать свои любимые теории. (В 2000 г. я тоже издал брошюру по физике.)

Ну а потом начал распространяться Интернет, и теперь проблема публикации текстов (научных, художественных — любых) исчезла. Понятно, что средний их уровень упал, но зато уже ничто не препятствует появлению действительно интересных работ. Только вот беда: встречаются они всё реже и реже — «деталантизация».

Ф. Крик о своём научном пути

КрикКнВ 2004 г. у нас издали книгу «БЕЗУМНЫЙ ПОИСК» (Москва—Ижевск: Ин-т комп. технол.). Это перевод мемуаров Фрэнсиса Крика WHAT MAD PURSUIT. A Personal View of Scientific Discovery (1988), выполненный Л.А.Газизуллиной. Теперь вышел другой перевод той же книги (М.: АСТ) под новым названием «ЧТО ЗА БЕЗУМНОЕ СТРЕМЛЕНЬЕ!», а переводчиком выступила филолог и (бывший) шекспировед М.В.Елифёрова.

В качестве названия для своего опуса автор взял слова из стихотворения английского поэта-романтика Джона Китса «Ода к греческой вазе» (Ode On A Grecian Urn):   

What mad pursuit? What struggle to escape?
What pipes and timbrels? What wild ecstasy?

Крик изложил свои воспоминания о героическом периоде развития молекулярной биологии — от событий, предшествовавших открытию двойной спирали ДНК в 1953 г., и до конца 60-х годов, когда был окончательно определён генетический код. Имеются также пролог — о детстве Фрэнсиса, его родителях, а также эпилог — о зрелых годах учёного, когда он в Институте Солка в Калифорнии занимался изучением мозга. 

В отличие от «Двойной спирали» Джеймса Уотсона, «Безумное стремленье» написано в спокойной манере. Значительное место, что и неудивительно, занимает обсуждение строения ДНК, ну а другая важнейшая тема — проблема генетического кода, над которой Крик активно работал.

Читать далее

Две музы Елены Клещенко

С Еленой Владимировной Клещенко я хорошо знаком: мы вместе работали в редакции «Химии и жизни». Она окончила биофак МГУ и осталась там наКлещенко кафедре молекулярной биологии, а в 94 г. переключилась на научную журналистику, став автором или редактором множества научно-популярных статей. Другая область её творчества — фантастика. В прошлом году на обоих направлениях Елена добилась больших успехов: выпустила солидную книгу «ДНК и её человек. Краткая история ДНК-идентификации» (М.: Альпина нон-фикшн), а её рассказ  с немного страшным названием «Верёвка повешенного» (про айтишника из похоронного агентства) завоевал первое место в конкурсе литературной премии «Будущее время» (в нём приняли участие более тысячи авторов из 31 страны).

КлещКнигаПоскольку я не любитель фантастики, скажу несколько слов только о книге. Её главная тема  —  идентификация человека по его генетическому материалу. Обсуждаются и научные основы, и разные практические вопросы, например опасно ли выкладывать свой геном в интернет. Многие главы выросли из статей, опубликованных ранее в ХиЖ. Отдельные изложения построены как увлекательные детективные истории, что и неудивительно: эти методы широко используют в криминалистике; ещё одна сфера их применений — исторические расследования, скажем, проблема останков Николая II и его семьи. (На днях узнал: есть версия, что Лев Гумилёв сын царя Николая II.)

Читать далее

Первые де сиянс академии

The Royal Society of London возникло из научного круж­ка, за­се­да­ния ко­то­ро­го начали проводиться в 1645 г. Офи­ци­ально уч­ре­ж­де­но ко­ролев­ской хар­ти­ей в 1662 г. под названием «Лон­дон­ское ко­ро­лев­ское об­ще­ст­во по раз­ви­тию зна­ний о при­ро­де». Это ча­ст­ная са­мо­управ­ляемая ор­га­ни­за­ция, не свя­зан­ная с дея­тель­но­стью пра­ви­тельственных уч­ре­ж­де­ний.

Académie des sciences (Французская, или Парижская академия наук) основана в 1666 г. при «короле-солнце» Людовике XIV.

Визит короля Людовика XIV в Академию наук в 1671 году

……….Визит короля Людовика XIV в Академию ……………..наук в 1671 году…..

В «Философских письмах» Вольтера (1694—1778) есть одно под названием «ОБ АКАДЕМИЯХ». Приведу две выдержки (цит. по: Вольтер. Философские сочинения. М.: Наука,  1988, с. 185):

Лондонскому Королевскому Обществу недостаёт двух вещей, наиболее нужных людям, — вознаграждений и правил. В Париже геометру или химику место в академии приносит небольшие, но верные средства; напротив, в Лондоне надо платить за то, чтобы стать членом Общества.

Читать далее